Ещё одно тяжелейшее испытание в жизни Кондратюка — это донос, после которого он попадает под волну сталинских репрессий.
В 1930 году его арестовывают по знаменитой 57-й статье «Экономическое вредительство». Это было групповое дело, по которому были задержаны все сотрудники конторы «Союзхлеб». Одним из пунктов обвинения было то, что он строил зерносушилку с названием «Мастодонт» не только без чертежей, но и без гвоздей. Местное руководство пришло к выводу, что строение не выдержит тяжести и развалится, погубив тем самым 10 тысяч тонн народного зерна (на самом деле «Мастодонт» простоял более 60 лет и сгорел в середине 1990-х годов). 10 мая 1931 года Кондратюка осудили на три года лагерей.
Однако вместо лагерей он был привлечён к работе в специализированном бюро № 14 для заключённых-инженеров по проектированию угольных предприятий, образованном в Новосибирске. Там он проработал до августа 1932 года, успев создать два изобретения в области горношахтного оборудования, на которые получил патент и авторское свидетельство. Тогда же Кондратюк опубликовал статьи по ряду специальных проблем: ускорение и облегчение проходки шахт с опалубной механизацией бетонных и породоуборочных работ, хранение бетона высокого сопротивления и постоянной крепи шахтных стволов, железобетонный копёр.
В то время в жизни Юрия Васильевича состоялась встреча с Сергеем Павловичем Королёвым. Знаменитый практик, человек, который действительно воплотил все идеи пионеров — первый спутник, первый космонавт, первые экипажи и так далее — ещё в 1933 году попросил организовать ему встречу с Кондратюком. Тогда Сергей Павлович возглавлял группу изучения реактивного движения (ГИРД), в которой он собрал талантливых инженеров и учёных, занимавшихся ракетами. Королёв предложил Кондратюку место главного теоретика в этой группе. Юрий Васильевич был потрясён, это была мечта всей его жизни, и он наконец-то мог заниматься тем, чем хотел.
Но он также знал один нюанс: все, кто находились в этой группе, были на особом контроле органов ОГПУ. За каждым участником серьёзно и внимательно следили, потому что Сталин прекрасно понимал значение ракетного движения в то время. Кондратюк знал, что как только изучат его документы, сразу вскроется подлог имени и служба у белогвардейцев. Официально Кондратюк — белогвардеец, хотя ни дня в этой армии не служил. И с болью в сердце он отказался от этого потрясающего предложения Королёва.
С началом войны Ю. В. Кондратюк уходит добровольцем в народное ополчение – рядовым телефонистом. Около Москвы попадает в окружение под Вязьмой, после выхода в октябре 1941 года продолжает служить на Западном фронте в роте связи, становится командиром отделения и помкомвзвода.
Обстоятельства его гибели до сих пор не выяснены. Известно, что это был февральский бой 1942 года в Орловской области, он ушёл в этот бой 23 февраля, а дальше следы теряются. Его не было среди пропавших и раненых, его не было среди тех, кого нашли убитыми, он исчез.
Бои были необыкновенно тяжёлые, часто людей просто присыпали землёй. Есть версии, что он может находиться в одной из братских могил на Орловской земле.